Powszechnie uważa się, że większość probiotyków jest bezpieczna, jednak nie jest jeszcze potwierdzone, czy są one bezpieczne dla osób z upośledzonym systemem odpornościowym. Mogą one być przyjmowane przez osoby bez zdiagnozowanych problemów z układem trawiennym. Ich bezpieczny wpływ w małych ilościach jest udowodniony, ponieważ od długiego czas stosuje się je w produkcji serów, i jogurtów.
Warto jednak skonsultować się ze swoim lekarzem rodzinnym zanim włączy się jakiekolwiek dodatkowe probiotyki do swojej diety. Mogą one nie być odpowiednie dla osób starszych. Niektóre probiotyki mogą zakłócać działanie leków. Lekarz rodzinny, na podstawie historii medycznej, będzie w stanie określić czy przyjmowanie probiotyków jest wskazane i dozwolone.
W ostatnich latach zwiększyła się ilość przeprowadzanych badań dotyczących wpływu probiotyków na dzieci. Najlepiej skontaktować się z lekarzem pediatrą w celu uzyskania najbardziej aktualnej porady.
Naukowcy zgodnie twierdzą, że potrzebne są dodatkowe badania zanim zostaną ogłoszone pewne opinie na temat bezpieczeństwa probiotyków. Prowadzone są także badania nad zastosowaniem probiotyków w leczeniu chorób.