Początkowy element jelita cienkiego stanowi dwunastnica. Przypomina ona kształtem literę C. Funkcją dwunastnicy jest mieszanie miazgi pokarmowej z sokami trzustkowymi, żółcią wątrobową oraz wydzieliną dwóch gruczołów, gruczołu jelitowego i dwunastniczego. Dwunastnica może przysparzać problemy trawienne tj. stany zapalne, refluks dwunastniczo-żołądkowy czy choroba wrzodowa.
Objawami w stanach zapalnych są zazwyczaj ostre bóle w nadbrzuszu. Mogą się do tego przyczynić niektóre leki, do tego stres lub inne dolegliwości takie jak nadkwaśność. W celu rozpoznania zmian chorobowych wykonuje się endoskopię. Leczenie bierze pod uwagę zmianę diety na lekkostrawną i taką, która pozwoli zregenerować uszkodzoną błonę śluzową.
Objawami choroby wrzodowej są również bóle, lecz pojawiające się przeważnie do dwóch godzin po spożyciu posiłku. Wrzody mogą powstawać na skutek wielu czynników, włączając stres, picie dużych ilości alkoholu, palenie papierosów, czemu towarzyszy nieregularne odżywianie. W dużej mierze winowajcą jest bakteria, heliobacter pylori, której obecność w powstawaniu wrzodów nie jest obojętna. Refluks jest zaburzeniem czynnościowym układu pokarmowego. Towarzyszy mu cofanie się treści dwunastnicy do żołądka, zamiast przejść do jelita. Prawdopodobnymi przyczynami tej dolegliwości są zaburzenia pracy nerwów, które dochodzą do dwunastnicy i dróg żółciowych.